Otto Schlaginhaufen, geboren am 8. November 1879 in St. Gallen; gestorben am 14. November 1973 in Kilchberg, war ein Schweizer Anthropologe, Ethnologe und Rassenhygieniker.
Schlaginhaufen war von 1917 bis 1950 Professor für Anthropologie und Ethnologie an der Universität Zürich und (bis 1951) Direktor des Anthropologischen Institutes der Universität. Als Ethnograf und Forscher arbeitete er unter anderem in Neuguinea und Melanesien. 1921 war er Mitbegründer der Julius-Klaus-Stiftung für Vererbungsforschung, Sozialanthropologie und Rassenhygiene und von 1922 bis 1968 ihr Präsident. Mit Mitteln der Stiftung führte er ein eugenisches Großprojekt durch, bei dem er und sein Mitarbeiterstab über 35.000 Wehrpflichtige der Jahre 1927 bis 1932 anthropologisch untersuchten und bewerteten. Ziel war die Erstellung einer Rassentypologie der Schweizer Bevölkerung.
In den 1920er Jahren trat Schlaginhaufen mit eugenischen Postulaten hervor, u.a. mit der Forderung nach einem Verbot von Mischehen, wenn der "Kreuzung ungünstige Erbmerkmale entspringen" würden.