Die Wissthur entspringt an der Südflanke des Speers, dem mit 1956 m ü. M. Europas höchsten Nagelfluh-Berg. 
Sie fliesst vom Speer in ostnordöstlicher Richtung durch das weite Tal Hinterlaad, anschliessend durch das Wandbleiktobel und mündet nach ca. 9 km auf 830 m ü. M. beim niedrigsten Punkt der Gemeinde Stein SG in die Thur.
Der Abfluss erfolgt über die Thur zum Rhein in die Nordsee.